清真大寺位于呼和浩特市市区旧城北门外，建于清康熙三十二年（公元1693年）。据《清真寺南北讲堂碑记》记载：“自大清定鼎以来，建立多年。”初建时较为简陋。
到乾隆五十四年（1789年）曾重修。1923年回族群众又募捐再度重修后，便成为现在的规模。该寺占地4000平方米，坐东向西的格局表现出对圣地麦加的尊崇，是呼和浩特市最大的一座清真寺。
大经堂大殿是清真寺的主要建筑，高大宏伟，庄严肃穆，在大殿柱子上刻有《古兰经》经文，后院有讲堂、穆斯林浴室等，院东南侧有一座灰色塔楼，楼高33米，六角攒尖顶，楼内有木质楼梯，登楼可眺望全市风景。
清真大寺的由来：在清灭明后，当时的驻军先后降清，被编入清“八旗”之外的“绿营”军。有许多在山西、河北一代参军的回回陆续解甲为民，并在呼和浩特落籍定居。当时，呼和浩特地区的农业和商业十分繁荣，已经是著名的商品集散地和重要的交通枢纽，各地往来的生意人中，有新疆噶尔丹控制下的回回人（主要是维吾尔族穆斯林），也有沿途陕、甘、宁、青等地的回民商人，一部分人就在此定居。
康熙三十二年，聚居在呼和浩特旧城周围的回回商贩和“绿营”军中的回族官兵在旧城北门外修建了此清真寺。
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