拉卜楞寺有六大学院，最大的是闻思学院，属于显宗，其余五学院属于密宗及其他。显宗重理解，要系统学习佛学原理；密宗重修持，学僧接受专门教育。
闻思学院。主要学习五部大论，共分十三级。
因明部。5年学程，分5年5级。第一年学辩红白下，第二年学辩红自上，第三年学集类中品，第四年学集类上品，第五年学因明类。学力著作有色仓阿旺扎西的《集类论》、法称的《释量论》及甲曹杰、克珠杰、第一世嘉木样等撰写的注释本。
般若部。4年学程，分4年4级。第一年学“论新下”，第二年学“论新上”，第三年学“第一品至第三品”，第四年学“第四品至第八品”。学习著作有《现观庄严论》，宗喀巴的《现观庄严广论》、《嘉言金运》，甲曹杰的《现观庄严名义释广解》，第一世嘉木样的《现观庄严论大疏》等。
中观部。2年学程，分2年2级。第一年学“中观新论”，第二年学“中观旧论”。学习的主要论著有龙树的《中观本领》，月称的《中观明句论》，佛护的《中观佛护释》及宗喀巴的《人中论广释》、《人中论摄义》，甲曹杰的《中观广论摄义》，第一世嘉木样的《中论大疏》等。
俱舍部。4年学程，为一学级。第一年学初四品，第二年学后四品，第三四年总复习。学习的著作有世亲的《俱舍颂》、《俱舍自解》，宗喀巴的《俱舍论》和第一世嘉木样的《俱舍大疏》等。
律学部。只此一级。修业期限不定。主要学习功德光的《戒律本有》及宗喀巴师徒3人的《菩萨戒释》和《比丘戒释》，第一世嘉木样的《律部大疏》。
闻思学院的学习时间，一年分为九个学期，即四个大学期，每学期为一月；二个中学期，每学期20天；三个小学期，每学期15天，学经的方法以背诵与辩论相结合为主。学僧每年必须经过严格的考试，方能升级，时间为每年农历十一月十九日。考试时，考生坐中间，回答格西和僧人们提出的问题，回答圆满，不漏点滴，方为及格。
闻思学院设有3种学位，然坚巴，凡般若部毕业或六至十二年级学僧，可以申请，参加考取然坚巴学位，科目以因明和般若为主。每年举行2次，第一次在农历五月十七日至六月十七日之间进行，第二次在农历十一月十七日至十二月十七日之间进行。尕仁巴，凡俱舍部学完4年功课者，全部称尕仁巴。多仁巴，是闻思学院最高学位，考僧必须是俱舍部毕业者。考试科目为五部大论，非常严格，每年仅录取两名。分两次进行，第一次在农历正月十七日至二十日；第二次在七月九日至十三日。
续部下学院。专修密宗，设三个学级。初级，学修生起次第，学僧主要背诵《怖畏九首金刚经》、《六臂护法经》、《法王护法经》、《集密经》、《大自在经》＞《续部经》等。升级时，必须背诵《大自在生起与圆满次第经》、《集密生起与圆满次第经》、《怖畏九首金刚生起与圆满次第经》三部经中一部，方可升人中级。中级，必须背诵《集密自入经》、《大自在自入经》、《烧坛经》、《续部经》、《佛赞》，讲要求学会用彩色细砂制造坛城。高级，依据《生起与圆满次第经》中规定程序修行。每年农历二月十七日至二十一日通过密宗教义的辩论考试，取得俄仁巴学位，每年只取1名。
这个学院教规极为严格，戒律繁多。
时轮学院。除学习修观有关的时轮密乘外，主学时轮天文历算。
该学院分三个学级，年限无定。初级，主学《妙吉祥名称经》、《无上供养经》、《普济经简释》等。中级，学习和背诵《时轮金刚经》、《现证菩提经》，学会坛城的描绘。高级，主修声明、诗词、历算、书法，并研究时轮金刚和怖畏金刚的生起与圆满之道。
医药学院。学僧主修藏医，也分三个学级。初级，学僧必须背诵《皈依经》、《绿度母经》、《观音心经》、《不动佛经》、《根本续》、《后续》。中级，背诵《释续》、《药王经》、《马王白莲经》等。高级，主要研究《四部医典》及《菩提道次第广论》。
医学院的学僧除了学习藏医原理外，还从事实践活动。每年四月下旬、六月上旬、八月份要外出采药，七月下旬开始制药，成药有散、丸、膏三种，并给各地患者看病治疗。医学院曾培养出许多杰出的藏医。现今该学院生产的“洁白丸”、“九味沉香散”、“九味半黄散”三种药物已被列入国家药典；还有18种成药单方被列入西北五省（区）地方成药，拉卜楞寺还成立有藏医研究所。藏医学正在得到继承和发扬。
喜金刚学院。主要研究喜金刚的生起和圆满次第之道。分三个班级，年限无定，初级学僧主要背诵《无上供养经》、《妙吉祥名称经》、《大威德经》、《满愿经》、《喜金刚迎请、加持、自入、烧坛、祝愿、回向经》、《金刚手大轮经》、《虚空瑜伽经》等，同时学会彩砂绘制喜金刚等坛城。中级主修汉历、藏文文法、书法、法舞，法舞仿照西藏第穆林。高级要遵守三律，禅坐静修，以求正果。
续部上学院。是仿拉萨续部上学院修建的，主要研究密宗生起和圆满次第之道，分三个学级，年限无定，修习经典基本上相同于续部下学院。
拉卜楞寺的最高权力
拉卜楞寺的最高权力集中于嘉木样活佛，是当地政教领袖，享有很高的威望。到第五世嘉木样时，拉楞寺院的组织机构有拉章组织、磋钦措兑、仲贾措兑以及管理牧区和农区、半农半牧区的组织系统。 拉章组织，系嘉木样大昂（佛宫）组织，由襄佐、司食、司服装长、经务、秘书、承宣、嘉木样代表、管家等组成，负责嘉木样本人及嘉木样佛宫的有关事宜。 磋钦措兑，系教务会议组织，在嘉木样领导之下，由总法台、总僧官、财务长、总经头、管理长、亲王管家，僧众代表 6人、秘书等组成，负责全寺宗教事务和财务。仲贾措兑，由第四世嘉木样建立，意为嘉木样座前茶会、并制定了文字章程，由襄佐、随侍长、司食长、司服装长、经务秘书长、承宣长、司佛宫官、司佛殿官、嘉木样代表、嘉木样管家、护卫官、月讼员等组成。最初主要处理寺内政教事务，后扩大为处理所有属寺、部落和整个教区政教军事的最高权力机构。
1940年，五世嘉木样从西藏学经返寺后，调整和改革拉卜楞寺的组织机构，建立了议仓组织，意为秘书处，由嘉木样亲自领导，襄佐主持，成员有议仓堪布、司食长、司服装长、经务长、秘书长、承宣长、拉章代表、管家和司讼员等，取代了仲贾措兑和磋钦措兑的权力，统辖全寺和寺属部落的一切政治、宗教、军事大权。从而权力高度集中于嘉木样手中，更加强化了政教合一制。
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