拉卜楞寺共有六大经堂，最大的是闻思学院经堂，又称大经堂，是“磋钦措兑”会议的场所，为全寺之中枢。一世嘉木样初建时，只有80根柱子，1772年二世嘉木样扩建为140根柱子，可容纳3000僧人诵经。1946年，五世嘉木样又建了前殿院，至此，大经堂成为有前殿楼、前庭院、正殿和后殿共数百间房屋，占地10余亩的全寺最宏伟的建筑。前殿楼为大屋顶式建筑，顶脊有宝瓶、法轮等饰物，楼上供吐蕾赞普松赞干布之像，楼上前廊设有嘉木样大师、四大色赤、八大堪布等活佛们每年正月和七月法会观会时的坐席，楼下前廊为本院僧官逢法会时的座位。前庭院是本院学僧辩经及法会辩经考取学位的场所，有廊房32间。
大经堂正殿东西14间，南北11间。正殿内悬乾隆皇帝御赐“慧觉寺”匾额，内设嘉木样和总法台的座位及僧人诵经坐垫，供有释迦牟尼、宗喀巴、二胜六庄严、历世嘉木样塑像，悬挂着精美的刺绣佛像及幢幡宝盖等，显得十分华丽，且藏有《甘珠尔》等经典。后殿正中，供奉着馏金弥勒大铜像，后殿左侧供奉着历世嘉木样大师的舍利灵塔，及蒙古河南亲王夫妇和其他活佛的舍利灵塔，共14座，右侧为本寺护法神殿。正殿之西为大厨房，内有大铜锅4口，大铁锅1口。大经堂不幸于1985年4月7日被火烧毁，在政府的关怀下，1985 年7月设计，1986年6月破土动工，1987年完成了主体工程。新建大经堂不但保持了原来的式样和风格，还采用了先进技术和材料。
续部下院经堂位于大经堂东北，初建于公元1737年，正殿东西5间，南北1间，系藏式建筑，殿顶法轮、幢幡俱全，内供密集、怖畏、胜乐等密宗佛像，其后殿供奉一世德哇仓等7 位活佛之灵塔。
时轮学院经堂坐落于大经堂右侧，建于1763年，正殿东西 5间，南北11间，具有浓郁的藏式风格，内供时轮金刚佛铜像。后殿正中供奉释迦牟尼和七大弟子像，左右供奉着堪布仓、贡唐罗智仓、旦巴嘉措等活佛的灵塔。
医学院经堂，建于1784年，正殿南北6间，东西5间，殿内供奉药王佛、药师佛和拉科仓的舍利塔，殿前厢廊内绘有人体脉络图18幅。
喜金刚学院经堂，建于1879年，仿拉萨布达拉宫的南杰扎仓样式修建。1957年失火烧毁，后由国家拨款按原式重建。
续部上学院经堂，位于喜金刚学院的西侧。建于1941年，正殿东西5间,南北10间,高达三层，顶层为宫殿式，绿色琉璃瓦覆盖，故称绿瓦寺。后殿内供有弥勒佛铜像和十六罗汉象，左为八大药师佛和35尊仟悔佛，右为第五世嘉木样大师父母的骨灰塔及21尊度母佛像，两侧有铜质无量寿佛1000尊。
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